ファンド内での課税は外国税しか発生しないとの認識ですが、ファンド内でも配当金に国内課税20％が引かれてしまうのであれば、投資信託そのものが極端に不利な商品になってしまわないでしょうか？

嘘はいけません。
ETFを大量に買い付けるだけで、個人と同じ運用法です。
配当課税はしっかりとされて、再投資されるだけです。